Varias enfermedades pueden afectar a la lengua. La leucoplasia (manchas blancas) se debe a factores que irritan la mucosa (diente roto, prótesis mal ajustada, etcétera) y al consumo de tabaco y alcohol. La presencia de hongos (candidiasis oral) se manifiesta por la presencia de unas manchas blancas que, una vez raspadas, dejan ver una capa enrojecida y, a veces, sangrante. La lengua geográfica se caracteriza por la aparición de unas grietas en la lengua. Puede deberse a un déficit de vitaminas, al estrés o a los cambios hormonales en las mujeres.

La lengua vellosa negra es una afección benigna en la que el dorso de la lengua adquiere un color negruzco y con vello. Suele ser temporal, sin consecuencias para la salud, y mejora al suprimir el consumo de tabaco, alcohol, café y té negro. Finalmente, el cáncer de lengua puede aparecer bajo la forma de una úlcera que no se cura pasadas 2 semanas o como una mancha blanca o roja inespecífica.